李登輝總統政府研究中心將設置於國立中山大學社會科學院下，並以社會科學院轄下之政治學研究所、經濟學研究所、中國與亞太區域研究所、教育研究所（含師資培育中心）、社會系（所）、政治經濟學系的師資與研究人員為基礎，組成研究學群及工作執行團隊。研究中心之工作目標包括：

〈一〉短程目標：

1.  南方政策智庫：
將在李登輝總統政府研究中心下設置政策研究部，並以「前瞻性之國家發展策略」（譬如能源政策、物聯網科技）與「南方政經研究」（強調南北平衡與南方發展之政策研究）為政策研究之特色，期能發揮政策諮詢與策略引航之功效。

2.  李登輝博士講座：
將賡續辦理「李登輝博士系列講座」活動，邀請國內外政經專家及學者針對時事與前瞻性之課題發表演講，並將定期舉辦年度或季節性之政策論壇與學術研討會，以增進李登輝總統政府研究中心之社會連結與影響力。

3.  政經人才培育：
將仿效日本「松下政經塾」（The Matsushita Institute of Government and Management）在李登輝總統政府研究中心下設置政經人才培訓部，透過課程訓練、實務實習等，以培養青年領袖及地方治理人才。

〈二〉中長程目標：

1.  籌建「李登輝國際會議廳」：
將以對外募款方式在社會科學院或校內籌建「李登輝國際會議廳」，以表彰李登輝前總統對我國政治及經濟發展的貢獻，並提供校內一個適合舉辦國際會議之場所，協助推動校內舉辦國際學術活動。

2.  李登輝總統史料典藏與研究：
將在社會科學院或中山大學圖書館內設置「李登輝總統史料典藏室」，系統性收藏及整理李登輝總統之著述、執政史料、影音報導與其他相關之文獻紀錄等，以做為研究李前總統治國理念與施政經驗之基礎，並兼具史料展示與典藏之功能。

3.  研究獎助：
將設置「李登輝總統講座教授」數名，以表彰對李登輝總統政府研究中心運作具有貢獻之專家與學者。另將成立「李登輝總統獎助學金」，以資助中心所培育之青年領袖。